请注意，具体的手续办理流程可能会因地区政策的不同而有所差异，建议申请人在办理前先到南京市车管所或所在地车管分所了解最新的申请要求和流程。
南京补领机动车驾驶证申请手续一般需要以下步骤：
1. 提交申请：前往南京市车管所或所在地车管分所，领取《机动车驾驶证申请表》并填写完整；同时准备好有效身份证明、居住证明、驾驶证补领申请表、原驾驶证或补证申请表格等相关材料。
2. 相关材料核验：将填好的申请表和相关材料提交给工作人员，工作人员会核对申请表和材料的真实性和完整性。
3. 驾驶能力测试：申请人需要参加南京车管所指定的考试机构进行驾驶技能考试，包括理论考试和实际驾驶考试。
4. 缴费：根据相关规定，缴纳补领机动车驾驶证的费用。
5. 照相和指纹采集：按照工作人员的指示，前往指定的拍照和指纹采集设备进行照相和指纹采集。
6. 领取驾驶证：一般情况下，申请人可以在一定时间后（通常为1个月左右），前往南京车管所或所在地车管分所领取补领的机动车驾驶证。
请注意，具体的手续办理流程可能会因地区政策的不同而有所差异，建议申请人在办理前先到南京市车管所或所在地车管分所了解最新的申请要求和流程。