3.审查：扬州市交通运输管理部门会对提交的申请进行审查，核实申请材料的真实性和完整性。
根据《中华人民共和国公路法》和《扬州市道路超限运输管理办法》的规定，扬州公路超限运输许可证的办理流程如下：
1. 提交申请：超限运输车辆的车主或者运输公司，需要向扬州市交通运输管理部门提交超限运输许可证的申请。
2. 材料准备：提交申请时，需要准备以下材料：超限运输申请表、超限运输车辆所有人身份证明、车辆所有权证明、车辆行驶证、车辆投保的交通事故责任强制保险证明、车辆技术参数及车体结构图纸（尺寸、长度、宽度、高度等）等。
3. 审查：扬州市交通运输管理部门会对提交的申请进行审查，核实申请材料的真实性和完整性。如果发现问题或者缺少必要的材料，将要求补充和修改。
4. 实地检查：在申请审查通过后，扬州市交通运输管理部门会派遣工作人员对超限运输车辆进行实地检查，核实车辆的实际尺寸和载重情况是否符合要求。
5. 支付费用：审核通过并通过实地检查后，超限运输车辆的车主或者运输公司需要支付超限运输许可证的相关费用。
6. 发放许可证：支付费用后，扬州市交通运输管理部门将发放超限运输许可证给申请人，并告知有效期限和使用注意事项。
需要说明的是，具体到哪个部门办理超限运输许可证可能因地区而异，建议您可以在扬州市交通运输管理部门官方网站上查询相关信息，或者直接咨询当地交通运输管理部门的服务窗口，以确保准确了解相关部门和流程。